第三十章 平定台湾——沈有容
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沈有容，字士弘，号宁海，宣城人，明代名将。少年时便立志从戎报国，武试第四名，后北上投军，先后在蓟辽、闽浙、登莱等边防或海防前哨服役，因屡立奇功，由旗牌官逐步擢升为都督同知，以67岁高龄还乡。一生四十余载的军旅生涯中，有数十年是镇守在福建沿海，正是在这期间，他曾率军三次进入台湾、澎湖列岛，歼倭寇，驱荷兰入侵者，成功地保卫了台湾。
日本关白丰臣秀吉，因平定岛内战国乱世局面，野心极度膨胀，悍然出兵侵略朝鲜，妄图征服琉球、吕宋、朝鲜、大明与印度，独霸东亚，命令小西行长，加藤清正等率十五万大军，开始进攻朝鲜。日军侵入朝鲜之后，朝鲜立即向明朝请求援助，明朝有识之士指出：“关白之图朝鲜，实意在中国。”但明廷认为日本不过弹丸鼠国，能有多大能耐？只命辽东抚镇发精兵二支，应援朝鲜，明军三千人进攻平壤，与装备了铁炮的日军展开巷战，大败，只剩下祖承训率残部退回国内。
明军初战失利，日军更加猖獗，朝鲜“八道几尽没，旦暮且渡鸭绿江”，大明边关岌岌可危，战报传来，明廷十分震惊，方觉日本实乃劲敌，不容小视。经廷议，制定了“援朝鲜，存属国，以固门庭”的方针，决心派重兵应援朝鲜。明廷任命兵部右侍郎宋应昌为备倭总经略，宋应昌虽然在战略上讲得头头是道，一听说让自己上战场去面对凶残的日军，他马上上疏说什么自己带兵讲求“一字兵法”，即用兵一万，造车三百六十辆，火炮七千余门，以及弓弩，弩箭，火铳之类，要兵部先备齐，方肯出征。御史郭实由是弹劾宋应昌担任经略一职不当，宋应昌大喜，马上顺水推舟，要求辞职，神宗大怒，狠狠申饬了宋应昌一番，他才不得不出征。出征归出征，可万一有个闪失怎么办？宋应昌想到了沈有容。
宋应昌虽然找了沈有容来护卫自己，但他仍旧不放心，还找了一个自谓可“驱使神兵”的术士张元阳。其时，这也没什么，姑且不说秦皇汉武，就是本朝嘉靖皇帝不也是个中翘楚吗？可是沈有容见到经略如此沉溺于方术，却深不以为然，常窃笑之，宋应昌因此对他逐渐冷淡了起来，沈有容觉察了这个变化，便识趣的托疾乞归了。虽然杀倭立功的机会没有了，但却有了尽孝的机会，在接下来的三年中，沈有容在家中承欢膝下，为父母尽了人子的孝道。
在这三年中，中日开始议和，但因明廷拒绝了丰臣秀吉的一系列无理要求，又借故发动了第二次朝鲜战争。丰臣秀吉本拟南北双线做战，夹击大明，但因种种原因而未能实行。但大明得到消息后却不敢怠慢，在浙江与福建沿海集结了大量水师，严阵以待。福建巡抚金学曾上疏认为，不若动用这些兵力去攻击日本本土，来迫使日本从朝鲜撤兵。他的这一条建议得到了明廷采纳，调童元镇来执行此事，但军队中缺少将才，金学曾开始着力搜求，沈有容就在其中。
沈有容欣然接受了聘请，但等到了福州府衙，却发现同聘者多老疾，与他们共事，能成大事？当下也不多言，将礼金原封不动的退还车太守，自行离去。金学曾得闻后，立即派了幕僚林守宇去追，在洪塘找到了正在等船的沈有容。沈有容见金学曾如此礼贤下士，便回到了福州，被授予海坛把总一职。
因为当时明朝对日本知之甚少，所以沈有容的第一个任务便是去日本侦察情况。金学曾派给沈有容一个叫刘思的助手，并从府库中拿出一千两白银，让他们扮成商人前去，沈有容却将钱财之事全交给了刘思打理，自己不取分毫。正准备行动之时，侨民许仪从日本偷渡回来，带来了丰臣秀吉死了的消息。金学曾即刻上疏，认为丰臣秀吉死后，日本又将陷入内乱，并说：“倘水陆交攻，歼此鲸鲵，或其时也。乞敕朝鲜经、督诸臣再加侦实，相机以彰天讨--”此时，日军己开始撤退，又有露梁津大捷，明廷认为将倭寇赶下海的目的已经达到，不宜再行远征了。金学曾“用奇捣穴”的计划取消了，那么沈有容也不用去日本了，一千两的公款自然要归还，只是刘思竟已把大部分挥霍了，落了个抄家的下场，金学曾见沈有容对钱财毫不染指，越器重他了。沈有容自此便在福建安顿下来，在今后的二十余年中与其结下了不解之缘。
辽东巡抚顾养谦听闻沈有容冲锋破敌，发现这是个人才啊，马上移咨上司，将沈有容调到自己麾下。由于辽东见蓟镇使用火器守备甚佳，便也开始配备火器，因沈有容是使用火器的专业人才，于是便授予他全辽东镇的火器教练一职。
辽东的边患，比蓟镇更加严重，主要有土蛮、朵颜三卫与女真诸部。土蛮是蒙古的一支，而且名义上是元朝的正统。土蛮部长依克灰正纠集朵颜三卫中的泰宁部把兔儿等，共三万骑兵，欲赴辽阳，以武力逼迫朝廷增加岁赏，李成梁得知此情况后，决定用轻骑出塞的老招，杀敌人一个措手不及。于是，率领副将杨燮，参将李兴等轻骑出了镇边堡。
明军昼伏夜行二百余力，直达可可毋林，这次老天也心向明军，塞外刮起了大风，天际还不时传来隐隐雷声，扰乱了敌人的视听，使之无从觉察明军进军路线及战略意图。当帐外喊杀四起，即便发矢如雨，仓促应战的士蛮众人也未能挽回败势。是役，明军共获首功九百，其中还有二十四位酋长的首级。
沈有容虽然是火器教练，但依然参加了此次战役，并同众人一起冲锋在前，亲自斩敌四人，随他在一起作战的十几位家丁也斩敌十四。沈有容自觉战功颇多，不好专美于前，便把部分功绩分给了一时未能立功的同事。如此一来，沈有容的赏银便少了一些，银子是拿命换来的，真是来之不易，但沈有容首先想到的却是故友与穷交，将银子分给了他们，后来，何乔远曾经回忆说，他早年之所以能安意读书，实在全靠沈有容资助。
蒙古诸部入侵仍勤，辽东依旧不得安宁，沈有容在双方几次摩擦中屡立战功，但身上却也添了不少箭疮，功勋得来不易啊！一波未平，一波又起，蒙古诸部的问题还没解决好，女真的叶赫部又开始欺凌哈达部，并多次骚扰明边，让明军守将头痛不已。
辽东巡抚顾养谦与李成梁决心出兵叶赫，沈有容亦随军参战，可是因冰雪未消，直到三月十三日到达叶赫。布寨见明军势大，马上奔跑到纳布林禄的东城，与其合兵一处，两军互杀一阵，叶赫见不能取胜，便退入城中拒守。此城以石为郭，城郭内外又有木栅，且建于绝峻之山峰上，易守难攻。明军围困攻打两日，才只破城郭外面的木栅二重，而且城上木石，箭矢杂下，明军损失也是不小。
沈有容奉命攻打南门，所乘战马中箭而死，又换了两次马，皆被敌兵箭矢所伤。沈有容的右腿也中了一箭，伤势十分严重，已经无法行动，又没有战马，成了待宰的羔羊。可是叶赫的士兵因为见他盔铠鲜亮，没有杀他，用挠钩将他钩住，想要拖他入城，脱了铠甲再把他杀了。女真素缺铠甲，像努尔哈赤的父、祖也算一部之长，却也仅留下遗甲十三副，沈有容是世家子弟，铠甲当然是外观又好，防护性能又强，自然为女真人所垂涎。在这生死一发之时，时任宁远副将的祖成训杀到，救了沈有容一命，总算有惊无险。
李成梁见叶赫久攻不下，只好暂且收兵，商议对策，沈有容顾不得养伤，与士兵带大将军炮二架，对城施放，一枚炮弹炸碎了城角，另一枚炸坏了纳林布禄的居所，砸死了他的老婆。明军掩杀一阵，又欲用云梯架炮，直击叶赫诸酋长所在之地。布寨，纳林布禄见势不好，出城乞降，请求与哈达分敕入贡。李成梁同意，大胜而还，叶赫此后势力大减，终于不再反叛明朝。
沈有容因破城居首功，再加上先前的功勋，应该能当上宣州指挥同知，但沈有容当时不知为何用的是沈有色这个名字，兵部认为并非他原本军籍，仅赏了他四百两银子，沈有容无奈，只得加入广宁中卫的军籍，从普通军士积功做了正千户。
沈有容晋升源图钦总，守卫浮图谷。在辽东这么多年的军旅生涯中，沈有容发现在辽东兵制，训练，守备等处皆有不少缺陷，升为钦总之后，认为应当负起责任，上书反映此事。提建议本是一件好事，但在明朝做为一员武将去提建议，那便有些不同。上书还算幸运，好像只得了上司的一顿申饬，但他已觉得有些灰心了，上述托疾乞归，但他上司宋可泉置之不理，等待一年也没有结果。后来，沈有容拆了旧公房来盖公馆，被一个与他有隙的同事揭发，才得以解甲归田。不过，他的下一任官员还未到任，只能等待着交接，这时，狂风暴雨从东方吹来，沈有容又迎来了一次机遇。
张居正去世了，“倒张”风**遍了整个大明朝，这种攻击也牵连了张居正生前重视的将领戚继光，“倒张”派们把戚继光视为张居正的同党，欲置之于死地而后快，甚至有人诬陷戚继光给张居正的信件说，“虽夜开中门递进，意欲何为？莫非反状乎？”在此等情况下，兵科给事中张鼎思认为戚继光于闽浙有功，请朝廷把他调往南方，调戚继光任广东总兵官。
这是蓟镇的塞外，由于戚继光的离去，在一定程度上，北边的蒙古诸部又活跃了起来。夷妇大嬖只趁古北口明军放马之机，以600多人抢马171匹，杀尖夜家丁11名，掳去军人17名。七月，小阿卜户入犯黑谷关，杀知名氏者30人，明军掩败为胜。为此总督周咏与巡抚翟秀裳夺俸半年，而刚上任的总兵杨四畏则降一级，在戚继光离开不久便发生了这种十几年未曾见过的百姓被杀被掳，牲畜被抢，连军人也被掳的惨象，真可谓自毁长城。
新任蓟辽总督张家胤为加强蓟镇守卫力量，调沈有容于蓟镇东路，任南兵后营千总，防守燕河，台头二路。仅过几个月，朵颜部首领长昂领兵三千余骑进犯刘家口，“戚老虎去，吾又何惧？”，果然发现蓟镇防御果然漏洞百出，都进入长城好几里地到了刘家口了，仍然未见明军组织什么像样的抵抗。但刘家口却恰恰是沈有容的驻扎之地，这下长昂遇到了克星，由于原来戚继光的防守方针是“谨烽火，远斥侯”，沈有容当夜二更时分闻得警报，仅带家丁及跟役共29人迎敌。沈有容当时应该就与家丁等人住在窝铺之中，身为千总，还亲自守城，真做到了与士卒同甘苦。闻警后，身边虽仅有这29人，但也得迎敌啊！“一出台而射死七十余”，可见，沈有容是使用火器的高手。
鸟铳，是前膛装弹的老式火枪，使用极为繁杂，沈有容以及他的家丁能在夜间使用鸟铳瞬间击毙七十余敌人，实在是很不容易了，没有极为熟练的操作技巧，是铁定做不到的。朵颜部的人还击了，箭矢如雨，这二十九位健卒们都负了箭伤，沈有容也身中二矢，但他们不顾伤势，奋力冲入敌阵，拼死砍杀。朵颜长昂因黑夜不辨明军人数，又因上一次大败的余悸，下令撤退了。
当时，兵部说：“蓟镇修筑台墙，原以匹马不入为功。贼夷拆墙进边，守台官军若罔闻，防守何在？”为严肃军纪，主兵把总李养性及传烽守台官兵周养珠等十人皆被枭首传示，还有八人受军棍不过而亡。唯独沈有容以首功得到了赏赐及对兵部的推荐，沈有容“由是知名”，这一战，才是他军旅生涯的真正开始。
在福建沿海辛劳奔驰十多年的沈有容，终于得以调往浙江升任参将，福建巡抚想要沈有容留下，福建的百姓们也说：“吾侪得再借将军高枕矣。”但沈有容因为十余年没有回家看望老迈的母亲，想要借去浙江任职的机会顺便回乡，就谢绝了。沈有容在浙江任职两年，得到母亲去世的消息，十分伤心，当天便弃官而去，也没等上司批准他丁忧。
此时，倭寇、海盗交相为害，宁波、绍兴、台州、温州都受到了严重破坏。宁波、温州两处参将都被降级、提问，只有沈有容因为在路上堵截得了首功题叙，所以秋天调任天津海防游击，浙江巡抚高举见到邸报后，将沈有容留在温、处，没有去成。
有三只船进入沈有容防守的凤凰洋，因言语不通，沈有容通过写汉字来问，才知道是安南商人裴光袍的商队，遇到风暴，飘至此地。但沈有容手下数十人，却想将这一百二十九人当作倭寇杀了报功，并跪下求沈有容允许，沈有容坚持不允，并下令：“杀一夷者，即戮以徇”，众将士才稍稍安定下来。沈有容将此事上报朝廷，安南商队等候上谕的九个多月，衣食全都是沈有容供给的。考虑到陆行迟缓，特别派了三艘兵船护送他们到了广东，然后交接给广西巡抚送回安南。事后，沈有容认为此事“逾于平生辛苦战功十倍”。但不久，就有人诬告沈有容纳贿，沈有容无奈乞归，一年八请，才得以还乡。
日本“村山舰队”入侵台湾，由于日本当时并没有实力大举入侵明朝，所以就转向侵略朝鲜、琉球，在朝鲜的军事行动虽然失败，但日本却控制了琉球，并想继续南进，吞并台湾。沈有容复职，黄承玄派太宁道林茂槐亲自到沈有容家聘请他，沈有容认为黄承玄大度，可以任人，所以重新回到福建，黄承玄当即任命他为水标参军。
明石道友奉村山等安之命，以送回董伯起为名，携带礼物及上明朝表章一道，停泊在福建王崎澳，要求恢复通商。黄承玄命沈有容出抚，明石道友与董伯起、通事高子美前来。明石道友当时未曾佩刀，沈有容问：“汝何不佩刀？”明石道友答道：“不敢！”沈有容亲自取来一把太刀给他配上，明石道友感激欲死，因为佩刀毕竟是武士的象征，明石道友呈上表文，沈有容因不合体制而却之，只带着董伯起与其他几名一起送归的人回到福建。后来，福建海道副使韩仲雍在接待明石道友之时，对日本的侵略行为进行了严厉的责问，并警告日本“汝若恋住东蕃，则我寸板不许过海，寸丝难过蕃”，明确指出不许日本涉足台湾。
明石道友还未离开，桃烟门又率领三艘战船、倭寇百余人进犯浙江，打破了浙江的一艘兵船，杀了十几名浙兵，又流窜到福建沿海，掳掠了二十余人。他们在驶进东沙白犬澳时，触礁搁浅，只好在此地“搭寮楼住”，欲夺船归。黄承玄得到消息后，将此事全权交给了沈有容负责。沈有容三路围困，用大炮仰攻，焚毁了倭寇的房舍与积聚，但倭寇依然“挥刃装铳，意在拼死突围”，把总何承亮欲要进攻，沈有容说：“困兽难迫，且多礁石，易损舟。彼藏礁石间待我，必大损兵，不如诱而擒之便。”
于是，派遣精通日语的王居华前往晓谕：“汝辈命在须臾；若未有犯唐罪过，分剖明白，或尚可觊一线生路！”并说明石道友已经受抚。桃烟门颇为意动，正在犹豫。次日，有倭寇率大乌船一只、渔船两只前来救援，沈有容“麾率官兵奋力冲攻，戈船飙集、火器雷震”，三船立沉。桃烟门见突围无望，就说：“有道友书来，即从。”明石道友“亦丑其类”，写了书信交给了沈有容，桃烟门等人见了明石道友的书信，便投降了，但有部分顽固分子选择了自杀。
沈有容擒获六十九人，斩了其中两名汉奸，然后分属于诸将报功，此役未伤一名明军。董应举听闻后，叹息道：“东沙之役，某生六十一矣，未见有此不伤一卒、不折半矢、不糜斗粮、不旷时日，去如振叶、归若系豚，捷速而完，功难而易；就使俞、戚再生，亦当首肯矣。”并在今连江县东莒岛西南隅的山崖旁亲自为沈有容书写了题名碑，原文为“万历强梧大荒落，地腊后挟日，宣州沈君有容获生倭六十九名于东沙之山，不伤一卒，闽人董应举题此。”
那些嫉妒沈有容大功的人跳了出来，认为计擒倭寇是不对的，容易引起倭人的报复，朝廷竟然认为桃烟门不过是过境商人，并未将他们当作倭寇处理。沈有容他们不仅没有得到奖赏，反而又冒功之嫌，黄承玄竟也因此事而移镇，沈有容于是拂衣而归。后来，这些倭寇又行作乱，沈有容之功才得以大白，但那已是沈有容回乡几个月之后的事了。
沈有容在海坛待了一小段时间后，金学曾把他调到了浯铜。浯铜此地乃“吃空额”的渊蔽，沈有容赴任后，“痛洗夙弊，鼓舞士卒”，革除了此弊，提升了士卒的士气。正因为如此，福建各个水寨巡逻兵船多有被倭寇劫掠的，只有沈有容一军擒倭寇十八名，斩首十二级。为了防止又有所抬头的倭患，福建兴泉道的王岵云提议招募巡逻兵800人，商船24只分为二哨，令沈有容统帅其中之一。沈有容得到这股生力军后，马上出海巡逻，直到与广东交界的地方，与一股倭寇相遇，“斩首三十二级，夺回南澳捕盗张京兵船一只”，立了大功。但有官员因为沈有容没将此船物归原主，所以陷害他说：这艘船上，那些所谓被倭寇杀的士卒，都是沈有容为了报功自己杀的，如果此罪坐实，那沈有容就不仅是革职查办的问题了。好在金学曾明察，洗刷了沈有容的冤屈。但因为此事的影响，沈有容前五年等于白干了，没能得到升迁。
朱运昌调任福建巡抚，将沈有容调往浯屿，太守程达认为此地距崇武卫所、料罗卫所都很远，无法相互照应，而且厦门也自有水军，所以建议移水寨于石湖。此提议得到了时任巡海道的徐学聚的认同，胆石湖的老百姓却不乐意，他们认为如此一来“兵害恐其无已”，太守程达只好对老百姓说，徙镇此地的是沈有容，老百姓这才平静下来。因为沈有容治军严整，而且他曾为民请命，请当时的税监高寀停止了征收运粮船的税费。福建靠海且多山，粮食产量甚少，多靠从广东进口，粮价本来就很贵，如果再征收重税，那么福建的民生势必会受到致命的影响，所以百姓们都很感激沈有容，还为他立了生祠，沈有容来带兵，自然不会侵犯百姓的利益。
上下达成一致，改建石湖水寨得以进行，沈有容没向政府要一分钱，用的钱全是靠卖掉旧水寨材料与往年立功得到的赏金，费时约一年，水寨得以建成。期间，沈有容还组织士卒为石湖沿海修了一段石筑的长堤，有效地防止了土壤盐碱化的加剧。水寨建成后不久，有7只倭船横行在浙、闽、粤沿海，沿海将士却不能“以一矢相加遗”。这股倭寇由浙江流窜到福建万安卫所，攻打城池，焚烧船只，劫掠了许多民众，并且在西寨停泊了十余日，沈有容得到消息后，率水军在崇武卫所严阵以待。倭寇不敢前来，从乌邱出澎湖列岛，逃亡东蕃。
台湾自古以来就与我国大陆有着密切的联系：三国时东吴大帝孙权就曾派将军卫温到过台湾；隋炀帝曾三次派人到达台湾；南宋时，已在澎湖列岛驻军；元世祖忽必烈曾两次派人到达台湾，设置了澎湖巡检司，管理台澎；在明朝，郑和下西洋时到达台湾；到了明朝中后期，中国大陆人民的足迹遍布台湾南北，已经开始了开发台湾的进程。
这股倭寇到达台湾后，在大员建立了据点，四处劫掠，并向东南沿海前往台湾的商人、渔民收取“报水”，连台湾土著民也深受其害，不敢再在沿海平原打猎，只好迁往内地山区躲避。朱运昌对此十分头痛，“安得豪杰，为我荡寇分忧者？”当然，只有沈有容，因为沈有容“枭捷善战，每临敌先登，意气闲暇；两舟相隔丈许，提刀飞身过之，立斩数人，一舟披靡，而后众将士从之。又加以沉毅多谋，料敌出奇无穷”，这样智勇双全的将领上哪儿去找？
沈有容得到朱运昌的密令之后，先派遣渔民郭延前往侦察，并秘密备战，在郭延侦知这股倭寇的确切消息后，沈有容下令出征。但“时腊月，非出海候，诸将及舵师皆有难色”，沈有容将朱运昌的密令下达，但为了防止奸细告密，他只说：“吾近往耳，聊以惧窃窃通我分地者。”摆出了一副只是例行巡逻的姿态。
于是，沈有容统战船24只前往征剿，可惜天公不作美，船队在过澎湖时遇上了飓风，船队飘散。因为当时天色已晚，沈有容不得不冒险停泊在地势险峻，船不得并行的丁屿门。在这里等候了三天，飘散的船只才归队，但只剩下了14只船，沈有容认为倭船不过7只，我军是他们的一倍，破之足矣，于是又再向台湾前进。到了第二天，与倭寇相遇，“将军率诸将士殊死战，无不一当百；贼大败，尽出辎重投之于海令我军拾，而姑少缓师。我军无一人取其秋毫，战益力，斩馘火攻，须臾而尽。”是役，“斩级十五，而投水焚溺无算，救回漳泉渔民三百余人”，“倭遂去东蕃，海上息肩者十年”。在明军登陆修整的时候，台湾土著民的一个酋长大弥勒“扶老携幼，竞以壶浆、生鹿来犒王师，咸以手加额，德我军之扫荡安辑之也”，并邀请沈有容去它们的寨子做客。随行的学者陈第将一路见闻记载下来，整理成《东蕃记》，是现存最早的台湾史料。沈有容此次军事行动是明廷在台湾显示主权的一次重要行动，当时福建官府因决策失误未能在台湾开府设县，也没有留下驻军。
沈有容立此大功返回福建，等待他的却是“总府方索宝，而本将又复忌功”，要没有朱运昌在上面给他顶着，恐怕又不免得咎，但最后的结果竟是“捷闻，文武将吏悉叙功，有容赍白金而已”，只得了六两赏金。这时，朱运昌却因病去世了，沈有容十分伤心，七次具文乞归，但新任巡抚徐学聚坚持不允，沈有容只好继续在福建沿海，奔驰于危涛之间。
荷兰东印度公司成立，派韦麻郎率领一支舰队前往中国。他们的舰队首先停泊在大泥，本来想与暹罗国王的朝贡使团一同去中国碰碰运气，但没想到朝贡使团还未出发，暹罗国王却死了。但韦麻郎却在此地结识了李锦、潘秀、郭震三名中国奸商，也不算没有收获。福建政府派遣了詹献忠等人，去让韦麻郎归国，但他们因为贪图荷兰人的钱财，竟带了许多货物去卖，并且沿海也有许多商人私自去做生意，荷兰人得到了好处，通商的愿望更加迫切了，所以韦麻郎又派通事林玉去贿赂税监高宷。
林玉虽被福建官府抓获了，但高宷已经得到了消息，就派遣了心腹周之范去见韦麻郎“说以三万金与宷，即许贡市”，韦麻郎“赠饷甚侈”，同意了高宷的要求，并派遣通事与头目九人要去福州与高宷详细商谈，但因为风候不对，未能成行。高宷还与他的死党福建总兵朱文达密谋说：“市幸而成，为利不赀。第诸司佐佑，唯公图之！”朱文达于是对福建巡抚徐学聚说：“红夷勇鸷绝伦，战器事事精利，合闽舟师不足撄其锋，不如许之。”但徐学聚头脑清醒，坚持不许，将驱逐荷兰的事交给了参将施德政与都司沈有容。
沈有容听说荷兰强占澎湖，要求通市时，就说：“夷意岂在市？不过悬重赂饵我，幸而售，将鼾睡卧侧，踵香山澳故事，睥睨中土尔。”力主不可通市。受命之后，沈有容认为对待荷兰这件事“剿而得胜，徒杀无罪，不足明中国广大；不胜，则轻罢百姓力，贻朝廷羞，不如谕之”。所以他先释放了林玉，想要用为反间，然后架一艘小船直接去了澎湖。
沈有容见到韦麻郎后，说：“天朝体统甚肃，上有抚、按二台，中有藩、臬诸司，外有将领、郡邑百执事，纲纪相承，凡事非商定不敢以闻。若欲求互市于闽，互市事至钜，孰敢主之？若等皆良商，独不识此乎？”韦麻郎说：“来者俱言市成，将军言不成，何也？”并说高宷的使者已经来了。沈有容又说：“堂堂中国，岂乏金钱巨万万；尔为鼠辈所诳，钱既不返、市又不成，悔之何及！”韦麻郎叹服，“从来不闻此言。”但他的一个手下却在这时拔出战刀来说：“中国兵船到此，想似要与我等相杀，就与相杀何如？”沈有容厉声说道：“中国甚惯杀贼，第尔等既说为商，故尔优容；尔何言战斗，想是元怀作反之意。尔未睹天朝兵威耶？”荷兰人语塞。韦麻郎一方面答应说马上回去，并招待沈有容留下；另一方面将给与周之范的钱财索回，只让他带给高宷玻璃器具等物，让高宷将乞市文书带奏，天子准许后再说三万金的事。
但沈有容等了几天，韦麻郎依旧没有走的意思，沈有容假意说要离开，韦麻郎立刻赶来相留。沈有容厉声对他说道：“郎不去，恃汝舟大与？壑可藏、力可负、凿可沉、撞可破，而舟何可恃耶？郎不闻沈将军破倭奴东海上，海水尽赤？吾不忍若颈之续其后，故谕而归，汝郎不从吾言，吾去矣，郎请后勿见我，毋贻空自悔也！”林玉也在一旁帮忙劝说。在这时，施德政为配合沈有容，已在料罗卫所集结了五十艘战船，并做好了火攻的准备。福建政府又下了严令：“兵民从海外入者，一钱不得着身；挟钱者治如法。”断了荷兰人的妄想。韦麻郎审时度势，只好离开了澎湖。当时荷兰的战舰“舟长二十余丈、高数丈，双底。木厚二尺有咫，外鋈金锢之。四桅，桅三接”，“左右两樯列铳，铳大十数围，皆铜铸；中具铁弹丸，重数十斤，船遇之立粉”，作战能力十分强。
福建水师的战船却多是商船与渔船改造的，虽有五十艘之多，但未必稳操胜券。所以沈有容能谕退荷兰，是十分难能可贵的。韦麻郎离开之前，特别找了画师为沈有容画像，并用铜铳及铳弹与一些特产赠送，以示敬仰。沈有容只收下了铜铳及铳弹，可能已经有师夷长技的思想了。韦麻郎离开后，三位汉奸皆被斩首。沈有容回厦之后，与友人陈第登临南普陀后山，留下了“骋望极天，徘徊竟日”的题名石刻。
然而这时，高宷竟然已经上疏为荷兰人请求互市，听闻韦麻郎离开这事后，顿足说：“德政乃败吾事！”后来，此疏虽被万历帝驳回，但高宷已经嫉恨上了施德政与沈有容。徐学聚本想立即为沈有容表功，但因为“宷党”朱文达等人的阻挠而未能成功，但澎湖的百姓们却没有忘记沈有容的大功，为其树“沈有容谕退红毛番韦麻郎等”的碑刻，是公认的“澎湖第一碑”。
沈有容还乡未及一年，福建政府派遣使者十次去请沈有容复任，沈有容坚持不许，而且这次连林茂槐的面子也没买。福建的崔御史却也给他写了信。原先沈有容在浙江时崔御史曾经在他离任后，私下里举荐过他，沈有容激于知己，于是复任。但没想到，部分将士因为沈有容先前的功勋而嫉恨他，不与他合作，沈有容十分后悔，又动了回乡的念头。福建巡抚王士昌将水军参府的创建工作交给了他，先前，黄承玄创立了“专统水军，弹压要地，随势排荡”的福建水标参军，并让沈有容担任此职，王士昌更是要在原来的定海卫所建设一军署，以便更好的防卫海疆。沈有容想到此衔是黄承玄为自己特别设置的，所以就又留了下来。
袁八老率其党三千余人流劫福建沿海，后又逃往广东，王士昌将平定海盗的任务交给了沈有容，但此时福建水师已经衰落，战船很少，无法追捕，沈有容只好进行招抚。袁八老“幸听命”，但这时却有人散布围剿的流言，沈有容只好冒险“躬架小舟，抵其船而受降”，招抚才得以顺利进行。
辽东后金国进犯加剧，于是明廷设置了山东副总兵，驻登州，统领水师，以为陆上策应。沈有容因为以往功勋，“为当世名公所知”，被任命了此职。沈阳、辽阳相继陷落，后金占领了辽东半岛及部分沿海岛屿，对明朝造成了严重威胁，因为辽东半岛就像楔子插入海中，直逼天津于山东登莱，如后金从海上进攻，那后果不堪设想。
于是，辽东经略熊廷弼从全局出发，提出了“三方布置之策”，第二条就是“以登莱渡海为奇兵”，并推荐陶朗先为登莱巡抚，驻登州。沈有容也被提升为总兵、都督佥事，“登莱遂为重镇”。据称，当时登莱有水陆兵员共五万人，马万余匹，甲杖火器二百余万，战船两千余艘。
由于辽东“经抚不和”，致使广宁失陷，辽东的民众纷纷逃入沿海的岛屿，日夜盼望明朝水师的救援，但此时陶朗先却不知出于何等考虑，竟然下令：“敢渡一人者斩”。沈有容立即上书争之，并派数十艘船前往救渡，获济的辽东民众共达三万四千余人，后陶朗先因贪赃被视为熊廷弼的党羽入狱，绝食而死，明廷以袁可立代之。
沈有容在登州结识了戚继光的长子戚柞国，当时戚柞国四兄弟正在编辑《戚少保年谱耆编》，它以戚继光的活动为主线，比较全面、真实的记载了戚继光的一生。但年谱完成后，戚柞国等无力将其刊行，幸而得到了沈有容的资助，才得以问世。戚柞国对此十分感激，特地在此书沈有容题的序言后加以附记记载此事：“会我大都督宣城宁海沈老公祖开府东牟，怅门客之浇漓，怜屋乌之幽独，知不肖辈食贫有日，叹先少保功业失传，慨捐资费，为不肖辈成此一书，以传世世。”沈有容的一次义举，为后人了解与研究戚继光，提供了重要的史料。
后金国驻守在复州的副将刘兴祚遣生员金应魁持一封密信交给沈有容，称“欲反正内应，以报中国”。刘兴祚本来是不满明朝官将的欺压才逃入建州的，但他却因为在任上秉公审断女真人与汉人的纠纷，得罪了一批女真高官，发现自己无法保护汉人的合法权益，于是决心脱离后金。沈有容将这一情况向登莱巡抚袁可立作了回报，袁可立接受了刘兴祚的要求，并派沈有容出海接应。
刘兴祚开始积极准备，决定于起事，袁可立为此向朝廷上疏道：“今二月内，总兵沈有容执有生员金应魁奴酋伪授世袭总兵驻复州刘兴祚即刘爱塔密禀一纸，内称彼欲反正内应，以报中国，因求臣免死加衔牌票。臣念辽阳以纳降陷城，广宁以判官诱败，兴祚之言未可凭信。又思因间用间，实兵家妙用。……当此时也，乘宁前驻防之众，朝鲜助兵之初，大兵出关东下，旅顺犄角夹攻，宣川拥鲜众而应，恢复之功似有可图者。但谋贵万全，兵须审势，知彼知己，能为可胜，是又当慎图之耳”。
袁可立令两镇兵马奇兵出袭，“督兵过海，乘虚捣之”，沈有容起兵“自皇城岛掩袭旅顺南四卫”策应于南，毛文龙“自皮岛掩袭镇江九连城”抄袭于北。“巡抚袁可立使总兵沈有容以舟师赴岛上，与毛文龙连兵应之。”“命总兵沈有容于三月十三日率兵出海相机接应。去讫四月内，贼见登兵北来，毛帅之兵又交相接应，……五月登兵与岛帅布置相应。”张盘率领军队和登莱招抚的辽民混编的队伍一举打下金州，乘胜收复要塞旅顺、望海堡和红嘴堡等战略要地，使辽南数百里土地重新收归于明朝。
但因为叛徒王丙的出卖，刘兴祚遭擒，差一点被斩首，后来由于阉党迫害导致袁可立的离任，而使这一诱降计划受阻，但刘爱塔一意归降，最终还是在崇祯初年归顺明朝并战死疆场，这是明清战争史上明朝诱降满清级别最高的将领，为辽东间谍战之著名战例，至今为研究明清战争史者所称道。
因为刘兴祚的反叛，努尔哈赤将辽东半岛的民众迁往内地，这时明廷有人就建议据守辽东半岛的金州，沈有容上言，“金州孤悬海外，登州、皮岛俱远隔大洋，声援不及，不可守。”但毛文龙依然派张盘进驻金州，但不久便被后金军击败，后金为了防止明军再度前来，焚毁了金州城的城垛与角楼。
袁可立曾下令让沈有容进军广鹿岛，沈有容是袁可立幕下的登镇总兵，曾在平倭和收复台湾及抗清战争中立下过赫赫战功。此次东征为老将出山，正于国家危难之际，登莱巡抚袁可立十分倚重之。然登州总兵沈有容并不满于东江总兵毛文龙依仗阉党势力的跋扈，二人矛盾日深。
魏忠贤当权，一批清流高官相继遭罢，袁可立也于此时再次遭贬，袁可立去，沈大将军无所依，决然随去。不久，沈有容得重病，连起居都步履颠危，于是以年老乞骸骨，以67岁高龄还乡，三年后，卒于家中，明廷念其功勋，追赠都督同知，并赐祭葬。
沈有容有八个儿子，有详细记载的有三个：六子沈寿崇袭其职，在北京近郊被李自成部所杀；八子沈寿峣，响应金声号召，组织义军抗清，兵败被杀；四子沈寿岳因积极支持郑成功与张煌言抗清，被斩首。真是将门出忠烈呀，沈有容上司袁可立的儿子袁枢，也在清军攻陷南京后拒不降清忧愤绝食而死。
日本关白丰臣秀吉，因平定岛内战国乱世局面，野心极度膨胀，悍然出兵侵略朝鲜，妄图征服琉球、吕宋、朝鲜、大明与印度，独霸东亚，命令小西行长，加藤清正等率十五万大军，开始进攻朝鲜。日军侵入朝鲜之后，朝鲜立即向明朝请求援助，明朝有识之士指出：“关白之图朝鲜，实意在中国。”但明廷认为日本不过弹丸鼠国，能有多大能耐？只命辽东抚镇发精兵二支，应援朝鲜，明军三千人进攻平壤，与装备了铁炮的日军展开巷战，大败，只剩下祖承训率残部退回国内。
明军初战失利，日军更加猖獗，朝鲜“八道几尽没，旦暮且渡鸭绿江”，大明边关岌岌可危，战报传来，明廷十分震惊，方觉日本实乃劲敌，不容小视。经廷议，制定了“援朝鲜，存属国，以固门庭”的方针，决心派重兵应援朝鲜。明廷任命兵部右侍郎宋应昌为备倭总经略，宋应昌虽然在战略上讲得头头是道，一听说让自己上战场去面对凶残的日军，他马上上疏说什么自己带兵讲求“一字兵法”，即用兵一万，造车三百六十辆，火炮七千余门，以及弓弩，弩箭，火铳之类，要兵部先备齐，方肯出征。御史郭实由是弹劾宋应昌担任经略一职不当，宋应昌大喜，马上顺水推舟，要求辞职，神宗大怒，狠狠申饬了宋应昌一番，他才不得不出征。出征归出征，可万一有个闪失怎么办？宋应昌想到了沈有容。
宋应昌虽然找了沈有容来护卫自己，但他仍旧不放心，还找了一个自谓可“驱使神兵”的术士张元阳。其时，这也没什么，姑且不说秦皇汉武，就是本朝嘉靖皇帝不也是个中翘楚吗？可是沈有容见到经略如此沉溺于方术，却深不以为然，常窃笑之，宋应昌因此对他逐渐冷淡了起来，沈有容觉察了这个变化，便识趣的托疾乞归了。虽然杀倭立功的机会没有了，但却有了尽孝的机会，在接下来的三年中，沈有容在家中承欢膝下，为父母尽了人子的孝道。
在这三年中，中日开始议和，但因明廷拒绝了丰臣秀吉的一系列无理要求，又借故发动了第二次朝鲜战争。丰臣秀吉本拟南北双线做战，夹击大明，但因种种原因而未能实行。但大明得到消息后却不敢怠慢，在浙江与福建沿海集结了大量水师，严阵以待。福建巡抚金学曾上疏认为，不若动用这些兵力去攻击日本本土，来迫使日本从朝鲜撤兵。他的这一条建议得到了明廷采纳，调童元镇来执行此事，但军队中缺少将才，金学曾开始着力搜求，沈有容就在其中。
沈有容欣然接受了聘请，但等到了福州府衙，却发现同聘者多老疾，与他们共事，能成大事？当下也不多言，将礼金原封不动的退还车太守，自行离去。金学曾得闻后，立即派了幕僚林守宇去追，在洪塘找到了正在等船的沈有容。沈有容见金学曾如此礼贤下士，便回到了福州，被授予海坛把总一职。
因为当时明朝对日本知之甚少，所以沈有容的第一个任务便是去日本侦察情况。金学曾派给沈有容一个叫刘思的助手，并从府库中拿出一千两白银，让他们扮成商人前去，沈有容却将钱财之事全交给了刘思打理，自己不取分毫。正准备行动之时，侨民许仪从日本偷渡回来，带来了丰臣秀吉死了的消息。金学曾即刻上疏，认为丰臣秀吉死后，日本又将陷入内乱，并说：“倘水陆交攻，歼此鲸鲵，或其时也。乞敕朝鲜经、督诸臣再加侦实，相机以彰天讨--”此时，日军己开始撤退，又有露梁津大捷，明廷认为将倭寇赶下海的目的已经达到，不宜再行远征了。金学曾“用奇捣穴”的计划取消了，那么沈有容也不用去日本了，一千两的公款自然要归还，只是刘思竟已把大部分挥霍了，落了个抄家的下场，金学曾见沈有容对钱财毫不染指，越器重他了。沈有容自此便在福建安顿下来，在今后的二十余年中与其结下了不解之缘。
辽东巡抚顾养谦听闻沈有容冲锋破敌，发现这是个人才啊，马上移咨上司，将沈有容调到自己麾下。由于辽东见蓟镇使用火器守备甚佳，便也开始配备火器，因沈有容是使用火器的专业人才，于是便授予他全辽东镇的火器教练一职。
辽东的边患，比蓟镇更加严重，主要有土蛮、朵颜三卫与女真诸部。土蛮是蒙古的一支，而且名义上是元朝的正统。土蛮部长依克灰正纠集朵颜三卫中的泰宁部把兔儿等，共三万骑兵，欲赴辽阳，以武力逼迫朝廷增加岁赏，李成梁得知此情况后，决定用轻骑出塞的老招，杀敌人一个措手不及。于是，率领副将杨燮，参将李兴等轻骑出了镇边堡。
明军昼伏夜行二百余力，直达可可毋林，这次老天也心向明军，塞外刮起了大风，天际还不时传来隐隐雷声，扰乱了敌人的视听，使之无从觉察明军进军路线及战略意图。当帐外喊杀四起，即便发矢如雨，仓促应战的士蛮众人也未能挽回败势。是役，明军共获首功九百，其中还有二十四位酋长的首级。
沈有容虽然是火器教练，但依然参加了此次战役，并同众人一起冲锋在前，亲自斩敌四人，随他在一起作战的十几位家丁也斩敌十四。沈有容自觉战功颇多，不好专美于前，便把部分功绩分给了一时未能立功的同事。如此一来，沈有容的赏银便少了一些，银子是拿命换来的，真是来之不易，但沈有容首先想到的却是故友与穷交，将银子分给了他们，后来，何乔远曾经回忆说，他早年之所以能安意读书，实在全靠沈有容资助。
蒙古诸部入侵仍勤，辽东依旧不得安宁，沈有容在双方几次摩擦中屡立战功，但身上却也添了不少箭疮，功勋得来不易啊！一波未平，一波又起，蒙古诸部的问题还没解决好，女真的叶赫部又开始欺凌哈达部，并多次骚扰明边，让明军守将头痛不已。
辽东巡抚顾养谦与李成梁决心出兵叶赫，沈有容亦随军参战，可是因冰雪未消，直到三月十三日到达叶赫。布寨见明军势大，马上奔跑到纳布林禄的东城，与其合兵一处，两军互杀一阵，叶赫见不能取胜，便退入城中拒守。此城以石为郭，城郭内外又有木栅，且建于绝峻之山峰上，易守难攻。明军围困攻打两日，才只破城郭外面的木栅二重，而且城上木石，箭矢杂下，明军损失也是不小。
沈有容奉命攻打南门，所乘战马中箭而死，又换了两次马，皆被敌兵箭矢所伤。沈有容的右腿也中了一箭，伤势十分严重，已经无法行动，又没有战马，成了待宰的羔羊。可是叶赫的士兵因为见他盔铠鲜亮，没有杀他，用挠钩将他钩住，想要拖他入城，脱了铠甲再把他杀了。女真素缺铠甲，像努尔哈赤的父、祖也算一部之长，却也仅留下遗甲十三副，沈有容是世家子弟，铠甲当然是外观又好，防护性能又强，自然为女真人所垂涎。在这生死一发之时，时任宁远副将的祖成训杀到，救了沈有容一命，总算有惊无险。
李成梁见叶赫久攻不下，只好暂且收兵，商议对策，沈有容顾不得养伤，与士兵带大将军炮二架，对城施放，一枚炮弹炸碎了城角，另一枚炸坏了纳林布禄的居所，砸死了他的老婆。明军掩杀一阵，又欲用云梯架炮，直击叶赫诸酋长所在之地。布寨，纳林布禄见势不好，出城乞降，请求与哈达分敕入贡。李成梁同意，大胜而还，叶赫此后势力大减，终于不再反叛明朝。
沈有容因破城居首功，再加上先前的功勋，应该能当上宣州指挥同知，但沈有容当时不知为何用的是沈有色这个名字，兵部认为并非他原本军籍，仅赏了他四百两银子，沈有容无奈，只得加入广宁中卫的军籍，从普通军士积功做了正千户。
沈有容晋升源图钦总，守卫浮图谷。在辽东这么多年的军旅生涯中，沈有容发现在辽东兵制，训练，守备等处皆有不少缺陷，升为钦总之后，认为应当负起责任，上书反映此事。提建议本是一件好事，但在明朝做为一员武将去提建议，那便有些不同。上书还算幸运，好像只得了上司的一顿申饬，但他已觉得有些灰心了，上述托疾乞归，但他上司宋可泉置之不理，等待一年也没有结果。后来，沈有容拆了旧公房来盖公馆，被一个与他有隙的同事揭发，才得以解甲归田。不过，他的下一任官员还未到任，只能等待着交接，这时，狂风暴雨从东方吹来，沈有容又迎来了一次机遇。
张居正去世了，“倒张”风**遍了整个大明朝，这种攻击也牵连了张居正生前重视的将领戚继光，“倒张”派们把戚继光视为张居正的同党，欲置之于死地而后快，甚至有人诬陷戚继光给张居正的信件说，“虽夜开中门递进，意欲何为？莫非反状乎？”在此等情况下，兵科给事中张鼎思认为戚继光于闽浙有功，请朝廷把他调往南方，调戚继光任广东总兵官。
这是蓟镇的塞外，由于戚继光的离去，在一定程度上，北边的蒙古诸部又活跃了起来。夷妇大嬖只趁古北口明军放马之机，以600多人抢马171匹，杀尖夜家丁11名，掳去军人17名。七月，小阿卜户入犯黑谷关，杀知名氏者30人，明军掩败为胜。为此总督周咏与巡抚翟秀裳夺俸半年，而刚上任的总兵杨四畏则降一级，在戚继光离开不久便发生了这种十几年未曾见过的百姓被杀被掳，牲畜被抢，连军人也被掳的惨象，真可谓自毁长城。
新任蓟辽总督张家胤为加强蓟镇守卫力量，调沈有容于蓟镇东路，任南兵后营千总，防守燕河，台头二路。仅过几个月，朵颜部首领长昂领兵三千余骑进犯刘家口，“戚老虎去，吾又何惧？”，果然发现蓟镇防御果然漏洞百出，都进入长城好几里地到了刘家口了，仍然未见明军组织什么像样的抵抗。但刘家口却恰恰是沈有容的驻扎之地，这下长昂遇到了克星，由于原来戚继光的防守方针是“谨烽火，远斥侯”，沈有容当夜二更时分闻得警报，仅带家丁及跟役共29人迎敌。沈有容当时应该就与家丁等人住在窝铺之中，身为千总，还亲自守城，真做到了与士卒同甘苦。闻警后，身边虽仅有这29人，但也得迎敌啊！“一出台而射死七十余”，可见，沈有容是使用火器的高手。
鸟铳，是前膛装弹的老式火枪，使用极为繁杂，沈有容以及他的家丁能在夜间使用鸟铳瞬间击毙七十余敌人，实在是很不容易了，没有极为熟练的操作技巧，是铁定做不到的。朵颜部的人还击了，箭矢如雨，这二十九位健卒们都负了箭伤，沈有容也身中二矢，但他们不顾伤势，奋力冲入敌阵，拼死砍杀。朵颜长昂因黑夜不辨明军人数，又因上一次大败的余悸，下令撤退了。
当时，兵部说：“蓟镇修筑台墙，原以匹马不入为功。贼夷拆墙进边，守台官军若罔闻，防守何在？”为严肃军纪，主兵把总李养性及传烽守台官兵周养珠等十人皆被枭首传示，还有八人受军棍不过而亡。唯独沈有容以首功得到了赏赐及对兵部的推荐，沈有容“由是知名”，这一战，才是他军旅生涯的真正开始。
在福建沿海辛劳奔驰十多年的沈有容，终于得以调往浙江升任参将，福建巡抚想要沈有容留下，福建的百姓们也说：“吾侪得再借将军高枕矣。”但沈有容因为十余年没有回家看望老迈的母亲，想要借去浙江任职的机会顺便回乡，就谢绝了。沈有容在浙江任职两年，得到母亲去世的消息，十分伤心，当天便弃官而去，也没等上司批准他丁忧。
此时，倭寇、海盗交相为害，宁波、绍兴、台州、温州都受到了严重破坏。宁波、温州两处参将都被降级、提问，只有沈有容因为在路上堵截得了首功题叙，所以秋天调任天津海防游击，浙江巡抚高举见到邸报后，将沈有容留在温、处，没有去成。
有三只船进入沈有容防守的凤凰洋，因言语不通，沈有容通过写汉字来问，才知道是安南商人裴光袍的商队，遇到风暴，飘至此地。但沈有容手下数十人，却想将这一百二十九人当作倭寇杀了报功，并跪下求沈有容允许，沈有容坚持不允，并下令：“杀一夷者，即戮以徇”，众将士才稍稍安定下来。沈有容将此事上报朝廷，安南商队等候上谕的九个多月，衣食全都是沈有容供给的。考虑到陆行迟缓，特别派了三艘兵船护送他们到了广东，然后交接给广西巡抚送回安南。事后，沈有容认为此事“逾于平生辛苦战功十倍”。但不久，就有人诬告沈有容纳贿，沈有容无奈乞归，一年八请，才得以还乡。
日本“村山舰队”入侵台湾，由于日本当时并没有实力大举入侵明朝，所以就转向侵略朝鲜、琉球，在朝鲜的军事行动虽然失败，但日本却控制了琉球，并想继续南进，吞并台湾。沈有容复职，黄承玄派太宁道林茂槐亲自到沈有容家聘请他，沈有容认为黄承玄大度，可以任人，所以重新回到福建，黄承玄当即任命他为水标参军。
明石道友奉村山等安之命，以送回董伯起为名，携带礼物及上明朝表章一道，停泊在福建王崎澳，要求恢复通商。黄承玄命沈有容出抚，明石道友与董伯起、通事高子美前来。明石道友当时未曾佩刀，沈有容问：“汝何不佩刀？”明石道友答道：“不敢！”沈有容亲自取来一把太刀给他配上，明石道友感激欲死，因为佩刀毕竟是武士的象征，明石道友呈上表文，沈有容因不合体制而却之，只带着董伯起与其他几名一起送归的人回到福建。后来，福建海道副使韩仲雍在接待明石道友之时，对日本的侵略行为进行了严厉的责问，并警告日本“汝若恋住东蕃，则我寸板不许过海，寸丝难过蕃”，明确指出不许日本涉足台湾。
明石道友还未离开，桃烟门又率领三艘战船、倭寇百余人进犯浙江，打破了浙江的一艘兵船，杀了十几名浙兵，又流窜到福建沿海，掳掠了二十余人。他们在驶进东沙白犬澳时，触礁搁浅，只好在此地“搭寮楼住”，欲夺船归。黄承玄得到消息后，将此事全权交给了沈有容负责。沈有容三路围困，用大炮仰攻，焚毁了倭寇的房舍与积聚，但倭寇依然“挥刃装铳，意在拼死突围”，把总何承亮欲要进攻，沈有容说：“困兽难迫，且多礁石，易损舟。彼藏礁石间待我，必大损兵，不如诱而擒之便。”
于是，派遣精通日语的王居华前往晓谕：“汝辈命在须臾；若未有犯唐罪过，分剖明白，或尚可觊一线生路！”并说明石道友已经受抚。桃烟门颇为意动，正在犹豫。次日，有倭寇率大乌船一只、渔船两只前来救援，沈有容“麾率官兵奋力冲攻，戈船飙集、火器雷震”，三船立沉。桃烟门见突围无望，就说：“有道友书来，即从。”明石道友“亦丑其类”，写了书信交给了沈有容，桃烟门等人见了明石道友的书信，便投降了，但有部分顽固分子选择了自杀。
沈有容擒获六十九人，斩了其中两名汉奸，然后分属于诸将报功，此役未伤一名明军。董应举听闻后，叹息道：“东沙之役，某生六十一矣，未见有此不伤一卒、不折半矢、不糜斗粮、不旷时日，去如振叶、归若系豚，捷速而完，功难而易；就使俞、戚再生，亦当首肯矣。”并在今连江县东莒岛西南隅的山崖旁亲自为沈有容书写了题名碑，原文为“万历强梧大荒落，地腊后挟日，宣州沈君有容获生倭六十九名于东沙之山，不伤一卒，闽人董应举题此。”
那些嫉妒沈有容大功的人跳了出来，认为计擒倭寇是不对的，容易引起倭人的报复，朝廷竟然认为桃烟门不过是过境商人，并未将他们当作倭寇处理。沈有容他们不仅没有得到奖赏，反而又冒功之嫌，黄承玄竟也因此事而移镇，沈有容于是拂衣而归。后来，这些倭寇又行作乱，沈有容之功才得以大白，但那已是沈有容回乡几个月之后的事了。
沈有容在海坛待了一小段时间后，金学曾把他调到了浯铜。浯铜此地乃“吃空额”的渊蔽，沈有容赴任后，“痛洗夙弊，鼓舞士卒”，革除了此弊，提升了士卒的士气。正因为如此，福建各个水寨巡逻兵船多有被倭寇劫掠的，只有沈有容一军擒倭寇十八名，斩首十二级。为了防止又有所抬头的倭患，福建兴泉道的王岵云提议招募巡逻兵800人，商船24只分为二哨，令沈有容统帅其中之一。沈有容得到这股生力军后，马上出海巡逻，直到与广东交界的地方，与一股倭寇相遇，“斩首三十二级，夺回南澳捕盗张京兵船一只”，立了大功。但有官员因为沈有容没将此船物归原主，所以陷害他说：这艘船上，那些所谓被倭寇杀的士卒，都是沈有容为了报功自己杀的，如果此罪坐实，那沈有容就不仅是革职查办的问题了。好在金学曾明察，洗刷了沈有容的冤屈。但因为此事的影响，沈有容前五年等于白干了，没能得到升迁。
朱运昌调任福建巡抚，将沈有容调往浯屿，太守程达认为此地距崇武卫所、料罗卫所都很远，无法相互照应，而且厦门也自有水军，所以建议移水寨于石湖。此提议得到了时任巡海道的徐学聚的认同，胆石湖的老百姓却不乐意，他们认为如此一来“兵害恐其无已”，太守程达只好对老百姓说，徙镇此地的是沈有容，老百姓这才平静下来。因为沈有容治军严整，而且他曾为民请命，请当时的税监高寀停止了征收运粮船的税费。福建靠海且多山，粮食产量甚少，多靠从广东进口，粮价本来就很贵，如果再征收重税，那么福建的民生势必会受到致命的影响，所以百姓们都很感激沈有容，还为他立了生祠，沈有容来带兵，自然不会侵犯百姓的利益。
上下达成一致，改建石湖水寨得以进行，沈有容没向政府要一分钱，用的钱全是靠卖掉旧水寨材料与往年立功得到的赏金，费时约一年，水寨得以建成。期间，沈有容还组织士卒为石湖沿海修了一段石筑的长堤，有效地防止了土壤盐碱化的加剧。水寨建成后不久，有7只倭船横行在浙、闽、粤沿海，沿海将士却不能“以一矢相加遗”。这股倭寇由浙江流窜到福建万安卫所，攻打城池，焚烧船只，劫掠了许多民众，并且在西寨停泊了十余日，沈有容得到消息后，率水军在崇武卫所严阵以待。倭寇不敢前来，从乌邱出澎湖列岛，逃亡东蕃。
台湾自古以来就与我国大陆有着密切的联系：三国时东吴大帝孙权就曾派将军卫温到过台湾；隋炀帝曾三次派人到达台湾；南宋时，已在澎湖列岛驻军；元世祖忽必烈曾两次派人到达台湾，设置了澎湖巡检司，管理台澎；在明朝，郑和下西洋时到达台湾；到了明朝中后期，中国大陆人民的足迹遍布台湾南北，已经开始了开发台湾的进程。
这股倭寇到达台湾后，在大员建立了据点，四处劫掠，并向东南沿海前往台湾的商人、渔民收取“报水”，连台湾土著民也深受其害，不敢再在沿海平原打猎，只好迁往内地山区躲避。朱运昌对此十分头痛，“安得豪杰，为我荡寇分忧者？”当然，只有沈有容，因为沈有容“枭捷善战，每临敌先登，意气闲暇；两舟相隔丈许，提刀飞身过之，立斩数人，一舟披靡，而后众将士从之。又加以沉毅多谋，料敌出奇无穷”，这样智勇双全的将领上哪儿去找？
沈有容得到朱运昌的密令之后，先派遣渔民郭延前往侦察，并秘密备战，在郭延侦知这股倭寇的确切消息后，沈有容下令出征。但“时腊月，非出海候，诸将及舵师皆有难色”，沈有容将朱运昌的密令下达，但为了防止奸细告密，他只说：“吾近往耳，聊以惧窃窃通我分地者。”摆出了一副只是例行巡逻的姿态。
于是，沈有容统战船24只前往征剿，可惜天公不作美，船队在过澎湖时遇上了飓风，船队飘散。因为当时天色已晚，沈有容不得不冒险停泊在地势险峻，船不得并行的丁屿门。在这里等候了三天，飘散的船只才归队，但只剩下了14只船，沈有容认为倭船不过7只，我军是他们的一倍，破之足矣，于是又再向台湾前进。到了第二天，与倭寇相遇，“将军率诸将士殊死战，无不一当百；贼大败，尽出辎重投之于海令我军拾，而姑少缓师。我军无一人取其秋毫，战益力，斩馘火攻，须臾而尽。”是役，“斩级十五，而投水焚溺无算，救回漳泉渔民三百余人”，“倭遂去东蕃，海上息肩者十年”。在明军登陆修整的时候，台湾土著民的一个酋长大弥勒“扶老携幼，竞以壶浆、生鹿来犒王师，咸以手加额，德我军之扫荡安辑之也”，并邀请沈有容去它们的寨子做客。随行的学者陈第将一路见闻记载下来，整理成《东蕃记》，是现存最早的台湾史料。沈有容此次军事行动是明廷在台湾显示主权的一次重要行动，当时福建官府因决策失误未能在台湾开府设县，也没有留下驻军。
沈有容立此大功返回福建，等待他的却是“总府方索宝，而本将又复忌功”，要没有朱运昌在上面给他顶着，恐怕又不免得咎，但最后的结果竟是“捷闻，文武将吏悉叙功，有容赍白金而已”，只得了六两赏金。这时，朱运昌却因病去世了，沈有容十分伤心，七次具文乞归，但新任巡抚徐学聚坚持不允，沈有容只好继续在福建沿海，奔驰于危涛之间。
荷兰东印度公司成立，派韦麻郎率领一支舰队前往中国。他们的舰队首先停泊在大泥，本来想与暹罗国王的朝贡使团一同去中国碰碰运气，但没想到朝贡使团还未出发，暹罗国王却死了。但韦麻郎却在此地结识了李锦、潘秀、郭震三名中国奸商，也不算没有收获。福建政府派遣了詹献忠等人，去让韦麻郎归国，但他们因为贪图荷兰人的钱财，竟带了许多货物去卖，并且沿海也有许多商人私自去做生意，荷兰人得到了好处，通商的愿望更加迫切了，所以韦麻郎又派通事林玉去贿赂税监高宷。
林玉虽被福建官府抓获了，但高宷已经得到了消息，就派遣了心腹周之范去见韦麻郎“说以三万金与宷，即许贡市”，韦麻郎“赠饷甚侈”，同意了高宷的要求，并派遣通事与头目九人要去福州与高宷详细商谈，但因为风候不对，未能成行。高宷还与他的死党福建总兵朱文达密谋说：“市幸而成，为利不赀。第诸司佐佑，唯公图之！”朱文达于是对福建巡抚徐学聚说：“红夷勇鸷绝伦，战器事事精利，合闽舟师不足撄其锋，不如许之。”但徐学聚头脑清醒，坚持不许，将驱逐荷兰的事交给了参将施德政与都司沈有容。
沈有容听说荷兰强占澎湖，要求通市时，就说：“夷意岂在市？不过悬重赂饵我，幸而售，将鼾睡卧侧，踵香山澳故事，睥睨中土尔。”力主不可通市。受命之后，沈有容认为对待荷兰这件事“剿而得胜，徒杀无罪，不足明中国广大；不胜，则轻罢百姓力，贻朝廷羞，不如谕之”。所以他先释放了林玉，想要用为反间，然后架一艘小船直接去了澎湖。
沈有容见到韦麻郎后，说：“天朝体统甚肃，上有抚、按二台，中有藩、臬诸司，外有将领、郡邑百执事，纲纪相承，凡事非商定不敢以闻。若欲求互市于闽，互市事至钜，孰敢主之？若等皆良商，独不识此乎？”韦麻郎说：“来者俱言市成，将军言不成，何也？”并说高宷的使者已经来了。沈有容又说：“堂堂中国，岂乏金钱巨万万；尔为鼠辈所诳，钱既不返、市又不成，悔之何及！”韦麻郎叹服，“从来不闻此言。”但他的一个手下却在这时拔出战刀来说：“中国兵船到此，想似要与我等相杀，就与相杀何如？”沈有容厉声说道：“中国甚惯杀贼，第尔等既说为商，故尔优容；尔何言战斗，想是元怀作反之意。尔未睹天朝兵威耶？”荷兰人语塞。韦麻郎一方面答应说马上回去，并招待沈有容留下；另一方面将给与周之范的钱财索回，只让他带给高宷玻璃器具等物，让高宷将乞市文书带奏，天子准许后再说三万金的事。
但沈有容等了几天，韦麻郎依旧没有走的意思，沈有容假意说要离开，韦麻郎立刻赶来相留。沈有容厉声对他说道：“郎不去，恃汝舟大与？壑可藏、力可负、凿可沉、撞可破，而舟何可恃耶？郎不闻沈将军破倭奴东海上，海水尽赤？吾不忍若颈之续其后，故谕而归，汝郎不从吾言，吾去矣，郎请后勿见我，毋贻空自悔也！”林玉也在一旁帮忙劝说。在这时，施德政为配合沈有容，已在料罗卫所集结了五十艘战船，并做好了火攻的准备。福建政府又下了严令：“兵民从海外入者，一钱不得着身；挟钱者治如法。”断了荷兰人的妄想。韦麻郎审时度势，只好离开了澎湖。当时荷兰的战舰“舟长二十余丈、高数丈，双底。木厚二尺有咫，外鋈金锢之。四桅，桅三接”，“左右两樯列铳，铳大十数围，皆铜铸；中具铁弹丸，重数十斤，船遇之立粉”，作战能力十分强。
福建水师的战船却多是商船与渔船改造的，虽有五十艘之多，但未必稳操胜券。所以沈有容能谕退荷兰，是十分难能可贵的。韦麻郎离开之前，特别找了画师为沈有容画像，并用铜铳及铳弹与一些特产赠送，以示敬仰。沈有容只收下了铜铳及铳弹，可能已经有师夷长技的思想了。韦麻郎离开后，三位汉奸皆被斩首。沈有容回厦之后，与友人陈第登临南普陀后山，留下了“骋望极天，徘徊竟日”的题名石刻。
然而这时，高宷竟然已经上疏为荷兰人请求互市，听闻韦麻郎离开这事后，顿足说：“德政乃败吾事！”后来，此疏虽被万历帝驳回，但高宷已经嫉恨上了施德政与沈有容。徐学聚本想立即为沈有容表功，但因为“宷党”朱文达等人的阻挠而未能成功，但澎湖的百姓们却没有忘记沈有容的大功，为其树“沈有容谕退红毛番韦麻郎等”的碑刻，是公认的“澎湖第一碑”。
沈有容还乡未及一年，福建政府派遣使者十次去请沈有容复任，沈有容坚持不许，而且这次连林茂槐的面子也没买。福建的崔御史却也给他写了信。原先沈有容在浙江时崔御史曾经在他离任后，私下里举荐过他，沈有容激于知己，于是复任。但没想到，部分将士因为沈有容先前的功勋而嫉恨他，不与他合作，沈有容十分后悔，又动了回乡的念头。福建巡抚王士昌将水军参府的创建工作交给了他，先前，黄承玄创立了“专统水军，弹压要地，随势排荡”的福建水标参军，并让沈有容担任此职，王士昌更是要在原来的定海卫所建设一军署，以便更好的防卫海疆。沈有容想到此衔是黄承玄为自己特别设置的，所以就又留了下来。
袁八老率其党三千余人流劫福建沿海，后又逃往广东，王士昌将平定海盗的任务交给了沈有容，但此时福建水师已经衰落，战船很少，无法追捕，沈有容只好进行招抚。袁八老“幸听命”，但这时却有人散布围剿的流言，沈有容只好冒险“躬架小舟，抵其船而受降”，招抚才得以顺利进行。
辽东后金国进犯加剧，于是明廷设置了山东副总兵，驻登州，统领水师，以为陆上策应。沈有容因为以往功勋，“为当世名公所知”，被任命了此职。沈阳、辽阳相继陷落，后金占领了辽东半岛及部分沿海岛屿，对明朝造成了严重威胁，因为辽东半岛就像楔子插入海中，直逼天津于山东登莱，如后金从海上进攻，那后果不堪设想。
于是，辽东经略熊廷弼从全局出发，提出了“三方布置之策”，第二条就是“以登莱渡海为奇兵”，并推荐陶朗先为登莱巡抚，驻登州。沈有容也被提升为总兵、都督佥事，“登莱遂为重镇”。据称，当时登莱有水陆兵员共五万人，马万余匹，甲杖火器二百余万，战船两千余艘。
由于辽东“经抚不和”，致使广宁失陷，辽东的民众纷纷逃入沿海的岛屿，日夜盼望明朝水师的救援，但此时陶朗先却不知出于何等考虑，竟然下令：“敢渡一人者斩”。沈有容立即上书争之，并派数十艘船前往救渡，获济的辽东民众共达三万四千余人，后陶朗先因贪赃被视为熊廷弼的党羽入狱，绝食而死，明廷以袁可立代之。
沈有容在登州结识了戚继光的长子戚柞国，当时戚柞国四兄弟正在编辑《戚少保年谱耆编》，它以戚继光的活动为主线，比较全面、真实的记载了戚继光的一生。但年谱完成后，戚柞国等无力将其刊行，幸而得到了沈有容的资助，才得以问世。戚柞国对此十分感激，特地在此书沈有容题的序言后加以附记记载此事：“会我大都督宣城宁海沈老公祖开府东牟，怅门客之浇漓，怜屋乌之幽独，知不肖辈食贫有日，叹先少保功业失传，慨捐资费，为不肖辈成此一书，以传世世。”沈有容的一次义举，为后人了解与研究戚继光，提供了重要的史料。
后金国驻守在复州的副将刘兴祚遣生员金应魁持一封密信交给沈有容，称“欲反正内应，以报中国”。刘兴祚本来是不满明朝官将的欺压才逃入建州的，但他却因为在任上秉公审断女真人与汉人的纠纷，得罪了一批女真高官，发现自己无法保护汉人的合法权益，于是决心脱离后金。沈有容将这一情况向登莱巡抚袁可立作了回报，袁可立接受了刘兴祚的要求，并派沈有容出海接应。
刘兴祚开始积极准备，决定于起事，袁可立为此向朝廷上疏道：“今二月内，总兵沈有容执有生员金应魁奴酋伪授世袭总兵驻复州刘兴祚即刘爱塔密禀一纸，内称彼欲反正内应，以报中国，因求臣免死加衔牌票。臣念辽阳以纳降陷城，广宁以判官诱败，兴祚之言未可凭信。又思因间用间，实兵家妙用。……当此时也，乘宁前驻防之众，朝鲜助兵之初，大兵出关东下，旅顺犄角夹攻，宣川拥鲜众而应，恢复之功似有可图者。但谋贵万全，兵须审势，知彼知己，能为可胜，是又当慎图之耳”。
袁可立令两镇兵马奇兵出袭，“督兵过海，乘虚捣之”，沈有容起兵“自皇城岛掩袭旅顺南四卫”策应于南，毛文龙“自皮岛掩袭镇江九连城”抄袭于北。“巡抚袁可立使总兵沈有容以舟师赴岛上，与毛文龙连兵应之。”“命总兵沈有容于三月十三日率兵出海相机接应。去讫四月内，贼见登兵北来，毛帅之兵又交相接应，……五月登兵与岛帅布置相应。”张盘率领军队和登莱招抚的辽民混编的队伍一举打下金州，乘胜收复要塞旅顺、望海堡和红嘴堡等战略要地，使辽南数百里土地重新收归于明朝。
但因为叛徒王丙的出卖，刘兴祚遭擒，差一点被斩首，后来由于阉党迫害导致袁可立的离任，而使这一诱降计划受阻，但刘爱塔一意归降，最终还是在崇祯初年归顺明朝并战死疆场，这是明清战争史上明朝诱降满清级别最高的将领，为辽东间谍战之著名战例，至今为研究明清战争史者所称道。
因为刘兴祚的反叛，努尔哈赤将辽东半岛的民众迁往内地，这时明廷有人就建议据守辽东半岛的金州，沈有容上言，“金州孤悬海外，登州、皮岛俱远隔大洋，声援不及，不可守。”但毛文龙依然派张盘进驻金州，但不久便被后金军击败，后金为了防止明军再度前来，焚毁了金州城的城垛与角楼。
袁可立曾下令让沈有容进军广鹿岛，沈有容是袁可立幕下的登镇总兵，曾在平倭和收复台湾及抗清战争中立下过赫赫战功。此次东征为老将出山，正于国家危难之际，登莱巡抚袁可立十分倚重之。然登州总兵沈有容并不满于东江总兵毛文龙依仗阉党势力的跋扈，二人矛盾日深。
魏忠贤当权，一批清流高官相继遭罢，袁可立也于此时再次遭贬，袁可立去，沈大将军无所依，决然随去。不久，沈有容得重病，连起居都步履颠危，于是以年老乞骸骨，以67岁高龄还乡，三年后，卒于家中，明廷念其功勋，追赠都督同知，并赐祭葬。
沈有容有八个儿子，有详细记载的有三个：六子沈寿崇袭其职，在北京近郊被李自成部所杀；八子沈寿峣，响应金声号召，组织义军抗清，兵败被杀；四子沈寿岳因积极支持郑成功与张煌言抗清，被斩首。真是将门出忠烈呀，沈有容上司袁可立的儿子袁枢，也在清军攻陷南京后拒不降清忧愤绝食而死。